я под линухом и ничего не замечал. Виндузятники кто заходил начали жаловаться, что их Аваст говорит вот это: Joomla 1.5 пропатченная до последнего актуального состояния. даже не знаю чего это виндовые антивири пугаются и что с этим поделать. !
Способ решения удаления вируса внедрённого в яваскрипт - менять пароли фтп,смотреть права доступа к файлам/каталогу сайта. Вычищать код яваскрипт от внедрённого/дописанного вредоносного кода.Обычно вредоносный код ,дописывают в конец файла. Ну или,как многие любят советовать- восстановиться из бекап,перезалить файлы Joomla
http://sitecheck.sucuri.net/scanner/ показывает на файл 404javascript.js, которого я по фтп не вижу 0_0 по сути: сменил все пароли везде файлы вредоносные перезалил джумловские (некоторые из них были больше по размеру на 5кб)