Решили продублировать в главном меню один из подпунктов (под одним из элементов меню верхнего уровня). Просто сделали копирование и сменили родителя. Теперь один из пунктов меню самого верхнего уровня стал отображать не ту статью, которая к нему привязана (то есть в нём по-прежнему прописана статья с id=63, но отображается статья с id=102). Модули, привязанные к этом пункту, тоже не отображаются. При открытии свойств какого-нибудь модуля этот пункт меню вообще отсутствует в списке, то есть к нему даже нельзя ничего привязать! Не смотря на это, на сайте от отображается, и его подменю работают корректно. Попробовали удалить тот дубликат меню, ничего не изменилось. Была установлена версия Joomla 1.5.12, на всякий случай обновился до последней 1.5.18. Ничего не изменилось. Ничего не могу понять, как такое возможно?
Проблему решил - оказалось, что в двух разных меню нашлись пункты верхнего уровня, у которых совпали алиасы. Соответственно при включенном SEF они создавали одинаковый адрес страницы. Проблему решили, просто переименовав один из алиасов