Здравствуйте. Скажите, каким образом генерируется список подключаемых файлов в <jdoc:include type="head" /> ?
Стандартный Head выводит вот этот файл - libraries\joomla\document\html\renderer\head.php. Но разные сторонние модули часто добавляют свои файлы, их подключение нужно искать в файлах этих модулей.