Интересует не только тег generation, но и более глубокая переработка движка, чтобы не определялась сервисами, и выглядела как самопис. Где искать корни?
Вам придется переписать тонны кода, ибо robots.txt покажет все. А когда выйдет обновление, что будете делать? Да и как ставить модули и компоненты?
без полезно даже по расположению шаблона: /templates/шаблон/... можно судить по CMS + чекалка для Joomla! есть
это невозможно. Даже по структуре папок возможно будет узнать, что это joomla. Лучше думайте над защитой сайта, чтобы если определят что joomla меньше шансов было взломать.